شوراها و کارگروهها
شورای پژوهشی
اعضا: دکتر آزیتا افراشی، دکتر اصغر اسمعیلی، دکتر محسن بهلولی فسخودی، دکتر وحید قهرمان، دکتر مریم کامیار، دکتر حسن مجیدیان، دکتر ریما مرشد
شورای عمومی
متشکل از همه اعضای هئیت علمی
شورای گروهها
متشکل از همه اعضای گروههای پژوهشی
کارگروه انتشارات
وظیفه اصلی این کارگروه تصویب انتشار دانشنامهها و آثار مرجع
اعضا: دکتر آزیتا افراشی، دکتر اصغر اسمعیلی، دکتر محسن بهلولی فسخودی، دکتر یدالله رفیعی، دکتر علیرضا شعبانلو، دکتر وحید قهرمان، دکتر مریم کامیار، دکتر حسن مجیدیان، دکتر ریما مرشد، دکتر علیرضا ملایی توانی
شورای علمی دانشنامهها
برای بعضی از دانشنامههای تخصصی، شورای علمی متشکل از برجستگان آن تخصص (رشته) وجود دارد که درمورد مسئلههای حساس و مهم دانشنامه تصمیمگیری میکنند.