بنیاد دانشنامه بزرگ فارسی در ۱۳۷۱ ه.ش. در دو اتاق در محل فعلی پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی تأسیس شد که وزیر وقت علوم دکتر مصطفی معین آنها را به استاد احمد بیرشک مؤسس و پایه‏‌گذار بنیاد واگذار کرده بود.

فعالیت رسمی بنیاد با اخذ موافقت رسمی از شورای گسترش آموزش عالی در سال ۱۳۷۱ ه.ش. آغاز شد. دوره مدیریت استاد بیرشک در سال ۱۳۷۶ به پایان رسید و دکتر نادرقلی قورچیان برای تصدی مسئولیت بنیاد انتخاب شدند که این مسئولیت تا ۱۳۸۵ ه.ش. ادامه داشت. مدیر بعدی بنیاد دکتر منوچهر اکبری بود که با تغییرات در اساس‌نامه و تصویب ساختار سازمانی مفصل، نام «بنیاد دانشنامه بزرگ فارسی» را پس از تصویب در هیئت امنا در سال ۱۳۸۸ به «بنیاد دانشنامه‏‌نگاری ایران» تغییر دادند. 

با پایان یافتن مدیریت دکتر منوچهر اکبری در سال ۱۳۹۶ ه.ش. فصل جدیدی در این مؤسسه پژوهشی آغاز شد و مقدمات پیوستن بنیاد به پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی در دوره مدیریت کوتاه ‏مدت دکتر حسینعلی قبادی (رئیس وقت پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی) فراهم شد. سرانجام در مرداد ۱۳۹۷ و در دوره سرپرستی دکتر علیرضا ملائی توانی (معاون پژوهشی وقت پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی) این الحاق اجرایی شد و عنوان بنیاد، به «پژوهشکدهٔ دانشنامه‏‌نگاری» تغییر یافت. پژوهشکده فعالیت خود را در کنار سایر پژوهشکده‏‌ها و مراکز پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی آغاز کرد و دکتر احمد پاکتچی در جایگاه نخستین سرپرست پژوهشکده تعیین شدند. پس از انتصاب دکتر پاکتچی به سمت سفیر ایران در یونسکو، سرکار خانم دکتر آزیتا افراشی عهده‌دار این سمت شدند و هم اکنون به عنوان سرپرست پژوهشکده دانشنامه‌نگاری مشغول به فعالیت هستند.

• تولید دانشنامه‏‌های عمومی و تخصصی؛

• ایجاد ارتباط مؤثر با جامعه از راه تدوین دانشنامه‏‌های مورد نیاز؛

• همکاری با دانشگاه‏‌ها و مؤسسات پژوهشی و فرهنگی کشور همراستا با اهداف پژوهشگاه و اسناد بالادستی کشور؛

• اولویت‌دادن به دانشنامه‏‌های مسئله‌محور؛

• توجه به ارتباط دانشنامه‏‌ای در فضای فرهنگ عصری و استفاده از فناوری نوین در این مسیر؛

• کاربردی‏‌سازی و ایجاد پیوند میان ساحت نظر و ساخت کاربرد؛

• دانشنامه‏‌های آینده‏‌نگر که مطالعه گذشته را نیز برای استقبال بهتر از آینده به خدمت می‏‌گیرند.